La Loire offre une voie de communication indispensable jusqu’à l’arrivée du chemin de fer. À Villebernier, mariniers et marchands accostent en trois points : le port de Penvigne, le port Saint Mainboeuf et le port Roux. Les fours à chanvres présents sur la commune attestent d’une autre activité liée à la marine de Loire : la culture du chanvre. Les fibres de cette plante servaient en effet à confectionner des voiles et des cordages.
Toutes ces activités restent sous la menace des crues…La légende raconte qu’en 1843, la majeure partie du bourg fut miraculeusement épargnée grâce à une statuette de la Vierge. La chapelle « Notre-Dame des Eaux » s’élève à l’endroit où la statuette se serait échouée.
Entre 1918 et 1919 Villebernier connaît une intense activité liée au camp américain « Strathcona and Mount Royal ». Implanté prés de la voie ferrée, on y répare le matériel roulant débarqué à Saint-Nazaire et envoyé vers le front de l'est